福建医科大学附属口腔医院建院基础为1984年成立的福建医学院口腔医学系，前身为1986年设立的福建医学院附属口腔医院门诊部。自1997年12月开诊后，经过艰苦创业、开拓奋进，现已成为一所集口腔医疗、教学、科研、预防于一体的三级甲等专科医院。
医院在口腔医学的科学研究方面不断取得新进展，近年来，医院获国家自然科学基金资助项目、福建省重大科研项目等多项国家级、省部级、厅市级科研课题，获省科学技术奖二等奖3项、三等奖2项，省卫生厅科技进步奖3项，以及省青年科技奖、省运盛青年科技奖等。
医院专业技术力量雄厚，现有医护员工430人，临床医师中具有博士硕士学位人员占医师数的78%。拥有国务院政府特殊津贴专家2人，国际牙医师学院中国区院士4人，全国优秀科技工作者1人，省百千万人才工程人选2人，省卫生计生系统有突出贡献中青年专家1人，省科技创新领军人才1人，省青年拔尖创新人才1人。